英文原題:Mateverse, the Future Materials Science Computation Platform Based on Metaverse
供稿人:高越宸 香港中文大學(xué)(深圳)
大家好,本期為大家分享一篇發(fā)表在Journal of Physical Chemistry Letters上的文章,文章題目為” Mateverse, the Future Materials Science Computation Platform Based on Metaverse”,文章的通訊作者是來自香港中文大學(xué)(深圳)的朱熹教授。在本文中,作者們開發(fā)了一種基于元宇宙的力場優(yōu)化架構(gòu),成功優(yōu)化了水的分子動力學(xué)力場。
目前的物理化學(xué)計算依賴于科學(xué)家編寫的多種計算機(jī)程序,包括軟件(例如VASP,Quantum Espresso用于第一性原理計算,LAMMPS用于分子動力學(xué)模擬)和以機(jī)器學(xué)習(xí),深度學(xué)習(xí)為代表的經(jīng)驗算法(例如DeepMD)。在這種通過傳統(tǒng)數(shù)學(xué)建模解決物理化學(xué)問題的計算范式中,人通過物理模型和超參數(shù)間接和原子、分子系統(tǒng)進(jìn)行交互。大量事實證明,目前這種交互效果沒有達(dá)到科學(xué)家的預(yù)期,因為在間接交互的過程中,原子系統(tǒng)中大量無法量化的關(guān)聯(lián)性被忽視,導(dǎo)致局部最優(yōu)和低模型遷移性的問題。這使得大部分用擬合和優(yōu)化得到的物理模型不具有普適性。近年來逐漸發(fā)展起來的虛擬現(xiàn)實技術(shù)和元宇宙技術(shù)能夠更高效的將人的智力進(jìn)行數(shù)字化,直接作用于物理化學(xué)系統(tǒng)。例如在分子動力學(xué)模擬中,科學(xué)家基于實驗數(shù)據(jù),通過沉浸式分析原子軌跡,就能判斷分子力場是否準(zhǔn)確。
圖1.傳統(tǒng)計算架構(gòu)和基于元宇宙的計算架構(gòu)對比示意圖。
為了證明基于元宇宙的計算架構(gòu)的高效性,作者們設(shè)計了基于虛擬現(xiàn)實的計算平臺Mateverse,意為“Material + Metaverse”。具體的計算流程如圖2所示。用戶穿戴VR設(shè)備,在一個虛擬界面中對水的分子動力學(xué)力場進(jìn)行優(yōu)化。力場的初始值可以是目前文獻(xiàn)中報道過的參數(shù),例如TIP3P, TIP4P等。經(jīng)過模擬之后,用當(dāng)前力場計算出來的水的性質(zhì)(例如密度,擴(kuò)散常數(shù),介電常數(shù)等)和水分子的運動軌跡會展示在界面中。由于當(dāng)前模型的缺陷,部分性質(zhì)會存在較大的誤差。用戶通過觀察分析這些軌跡和性質(zhì),通過他們自己對于物理化學(xué)模型的理解,他們可以修改相應(yīng)的力場參數(shù)以優(yōu)化力場。修改后的力場精度會在下一輪分子動力學(xué)模擬中得到。通過多次計算,玩家會逐漸掌握力場和系統(tǒng)性質(zhì)的關(guān)聯(lián)性,從而加快了優(yōu)化速度。
圖2.Mateverse的計算流程。
為了更好地描述分子性質(zhì)之間的關(guān)聯(lián)性,拓展現(xiàn)有力場數(shù)學(xué)模型的復(fù)雜度,作者提出了力場矩陣的概念。傳統(tǒng)力場參數(shù)都是以列向量的形式存在,不同數(shù)學(xué)基組之間的參數(shù)沒有關(guān)聯(lián)性,例如圖3中展示的TIP4P 力場。這里作者們在Mateverse中優(yōu)化的是一個矩陣形式的力場TIP4P-Meta,其中非對角項體現(xiàn)了不同參數(shù)之間的關(guān)聯(lián)性。力場參數(shù)的關(guān)聯(lián)性其實反應(yīng)的是原子系統(tǒng)中相互作用的關(guān)聯(lián)性。因此,將這些關(guān)聯(lián)性參數(shù)進(jìn)一步展開為原子系統(tǒng)中相對距離倒數(shù)的多項式加和。這樣,原來的一維力場被進(jìn)一步拓展為一個三維張量,參數(shù)空間復(fù)雜度顯著提高。TIP4P-Meta的優(yōu)化過程如下:首先根據(jù)已充分弛豫的原子初始位置信息,擬合三維張量的系數(shù)。然后,根據(jù)玩家對力場矩陣的調(diào)整,三維張量的值發(fā)生對應(yīng)變化。這樣,玩家直接參與到了數(shù)字優(yōu)化過程中。
圖3.?力場矩陣架構(gòu)
作為一個面向未來科研的計算平臺,作者們致力于提供晶型設(shè)計的一站式服務(wù)。作者將優(yōu)化好的力場用來探索和設(shè)計新晶型?;谠钪婕夹g(shù),用戶可以和晶型結(jié)構(gòu)進(jìn)行沉浸式的互動,更利于用戶理解晶體,蛋白質(zhì)等三維復(fù)雜結(jié)構(gòu)。在Mateverse中,作者們的具體實現(xiàn)方式為:首先借助USPEX等軟件產(chǎn)生大量待選結(jié)構(gòu);對于每一個結(jié)構(gòu),玩家可以對晶型的幾何結(jié)構(gòu)進(jìn)行調(diào)整,包括增加、刪除原子,移動原子位置;然后借助優(yōu)化好的力場,對人為設(shè)計的晶型進(jìn)行進(jìn)一步優(yōu)化。和蛋白質(zhì)設(shè)計游戲Foldit相比,Mateverse沉浸式的互動環(huán)境將拓展用戶的想象力,加速相關(guān)材料的設(shè)計。
圖4. 左:晶型設(shè)計過程。右:通過Mateverse設(shè)計的新晶型的相圖。
簡而言之,作者們提出了一個新的分子動力學(xué)力場架構(gòu),并將其在元宇宙中進(jìn)行實現(xiàn)和拓展,在優(yōu)化好水分子力場的同時,可以讓用戶自由地設(shè)計新的潛在晶型,具有很大的開發(fā)和應(yīng)用前景。力場調(diào)參進(jìn)入元宇宙時代,表明未來的材料科學(xué)研究方法將發(fā)生顯著變化,向著“工業(yè)5.0”范式邁進(jìn)。
J. Phys. Chem. Lett.?2023, 14, XXX, 148–157
Publication Date:December 29, 2022
https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.2c03459
? 2022 American Chemical Society
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