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工欲善其事，必先利其器，計算化學(xué)/分子模擬免費在線數(shù)據(jù)庫和工具對于科研工作者來說是提升效率的利器，這類網(wǎng)站中的內(nèi)容往往也是很有意義的。本文我們整理出了一些不錯的在線數(shù)據(jù)庫及工具，其中，前面有 “?*?”?的代表比較重要。很多在線工具需要java運行環(huán)境。如果有其它好的免費的化學(xué)相關(guān)的在線的庫或工具歡迎留言補充。

在線信息數(shù)據(jù)庫部分

* SDBS光譜數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi

簡介：很好的有機化合物光譜數(shù)據(jù)庫，包含六類光譜：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3萬余個化合物，其中以商業(yè)化學(xué)試劑為主，約2/3是6碳至16碳的化合物。數(shù)據(jù)大部分是其自行測定的，并不斷添加。可以通過化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注冊號、元素組成、光譜峰值位置/強度方式搜索。

* 計算化學(xué)比較和基準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(CCCBDB)：

鏈接：http://cccbdb.nist.gov

簡介：此數(shù)據(jù)庫包括各種量子化學(xué)方法、各種基組下對不同分子的各種屬性的計算結(jié)果，也包含實驗數(shù)據(jù)?？捎脕韺Ρ炔煌椒ㄓ嬎憬Y(jié)果優(yōu)劣，此數(shù)據(jù)庫內(nèi)容在不斷增加。

*?量化頻率計算校正因子

鏈接：http://cccbdb.nist.gov/vibscale.asp

簡介：實際上就是CCCBDB的一個子頁面，比較重要故單獨列出。

*??NIST化學(xué)數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://webbook.nist.gov/chemistry

簡介：是美國國家標(biāo)準(zhǔn)與技術(shù)研究院NIST的基于Web的物性數(shù)據(jù)庫。輸入分子查找條件，可獲得分子量、CAS登記號、各種熱力學(xué)數(shù)據(jù)、譜圖等信息，部分分子包含3D結(jié)構(gòu)。

*??上海有機所化學(xué)專業(yè)數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://202.127.145.134/scdb/default.htm

簡介：十分有用的數(shù)據(jù)庫，免費注冊?？色@得分子的紅外、質(zhì)譜譜圖、結(jié)構(gòu)、物化性質(zhì)、毒性、生物活性以及相關(guān)反應(yīng)等。還包括中英互譯、藥品名稱檢索等功能。

*?EMSL基組數(shù)據(jù)庫

鏈接：https://bse.pnl.gov/bse/portal

Uppsala Electron Density Server

鏈接：http://eds.bmc.uu.se/eds

簡介：用于評價蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中晶體結(jié)構(gòu)電子密度。輸入pdb ID（比如1cbs）進入后可以對各種內(nèi)容做圖。點擊EDS Summary下面的Go按鈕可以自動啟動基于java的電子密度圖可視化程序觀看電子密度圖，注意不要開啟瀏覽器的彈出窗口過濾。

ChemBioFinder

鏈接：

http://www.cambridgesoft.com/support/ProductHomePage.aspx?KBCatID=119

簡介：根據(jù)分子質(zhì)量、名稱或者自行繪制結(jié)構(gòu)，從幾十萬分子中搜索，得到二維結(jié)構(gòu)、Smiles、InCHI字符串、分子量等簡單信息。

基本物理常數(shù)數(shù)據(jù)庫

鏈接：

http://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html

簡介：可以查到精確的計算化學(xué)中涉及的物理常數(shù)及換算關(guān)系，如hartree->eV

Clarkson大學(xué)相對論有效勢數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://people.clarkson.edu/~pac/reps.html

生物核磁共振數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit

CRYSTAL程序基組數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/crystal.html

含重原子全電子STO基組數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://www.scm.com/Downloads/zorabasis/Welcome.html

結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫部分

* NDB核酸數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://ndbserver.rutgers.edu

簡介：根據(jù)NDB ID，獲得核酸坐標(biāo)文件、出處等信息，類似RCSB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。

* RCSB PDB數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

*?PubChem

鏈接：http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

簡介：NCBI下屬的小分子數(shù)據(jù)庫，包括化合物、物質(zhì)、生物活性三大數(shù)據(jù)庫，含上千萬條目并不斷增加。可通過分子結(jié)構(gòu)、名稱、分子式、分子量、 XLogP、氫鍵信息方式查詢?？梢缘玫椒肿拥暮喗?、化學(xué)結(jié)構(gòu)、XLogP（自動計算）、同義詞、生物活性、毒性、藥理學(xué)信息及分類、SMILE和 InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些結(jié)構(gòu)還有3D SDF結(jié)構(gòu)文件，進入條目后可在頁面最下面點SDF按鈕保存，可被一些軟件直接讀取，如ChemBio3D。是一個很有用的獲得小分子三維結(jié)構(gòu)的方法。

GLYCAM寡糖數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp

PDBbind-CN

鏈接：http://www.pdbbind.org.cn/index.asp

簡介：收集了pdb數(shù)據(jù)庫中的生物分子復(fù)合物。給出受體、配體名稱、親和性、序列等信息，可在線觀看或下載結(jié)構(gòu)，可根據(jù)配體名稱、結(jié)構(gòu)搜索含有此配體的復(fù)合物。

sc-PDB

鏈接：http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB

簡介：收集了PDB數(shù)據(jù)庫中含有可以為藥物結(jié)合的位點的蛋白。可根據(jù)配體、蛋白、結(jié)合方式為特征進行搜索。

SuperNature天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://bioinformatics.charite.de/supernatural

簡介：幾萬種天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫，可通過名稱、結(jié)構(gòu)、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以繪制結(jié)構(gòu)或根據(jù)結(jié)構(gòu)模版搜索，可在線觀看結(jié)構(gòu)，并獲得凈電荷、偶極矩、手形中心數(shù)目、可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目、氫鍵受/配體等信息。

HPDB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫

鏈接：http://hpdb.hbu.edu.cn

簡介：河北大學(xué)的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，可通過此庫間接下載到RCSB蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的文件。有中文PDB文件格式的介紹，比較有用，還有另外一介紹蛋白質(zhì)的些文章。

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(SCOP)

鏈接：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop

簡介：和CATH的功能類似，包含幾萬個蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。但是是人工對每個蛋白結(jié)構(gòu)進行分類，比CATH的分類更為合理。結(jié)構(gòu)分類基于四個層次：class、fold、superfamily、family。

蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(CATH)

鏈接：http://www.cathdb.info

簡介：其中結(jié)構(gòu)來自PDB數(shù)據(jù)庫，半自動地對每個結(jié)構(gòu)根據(jù)二級結(jié)構(gòu)、形狀、拓撲、同源性進行了分類，可以根據(jù)這些特點進行分類查詢。

在線工具部分

?03

* E-Babel

鏈接：http://www.vcclab.org/lab/babel

簡介：相當(dāng)于在線版的Babel，可以支持幾十種結(jié)構(gòu)文件格式的轉(zhuǎn)換。注意不要打開瀏覽器彈出窗口過濾功能。

* OpalDashboard

鏈接：http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do

簡介：一大批軟件的在線計算工具，包括MEME（搜索一組DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到靜電勢分布、溶解自由能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半徑信息，轉(zhuǎn)為apbs等軟件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（創(chuàng)建pdbqt、GPF文件），Autogrid（計算autodock所需的格點文件），Autodock（分子對接），F(xiàn)IMO，GLAM2，GLAM，GOMO。

*?PLATINUM

鏈接：

http://model.nmr.ru/platinum

簡介：此程序基于分子疏水勢的概念。上傳受體/配體結(jié)構(gòu)文件后計算，會顯示分子總面積、極性面積、非極性面積的大小。得到的疏水勢格點文件可保存也可以在線自動調(diào)用Jmol觀看，以不同顏色描述分子的疏水/親水性質(zhì)，可以直觀了解受、配體不同方式的的結(jié)合能力。對于脂體系可以顯示2D疏水圖。

* WHAT IF

鏈接：http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html

簡介：提供了十分豐富的蛋白質(zhì)模擬相關(guān)工具。包括同源模建、檢查和修復(fù)蛋白結(jié)構(gòu)、殘基突變、蛋白結(jié)構(gòu)分析、可及表面計算、分析氫鍵、補全質(zhì)子、原子間不正當(dāng)接觸檢測、計算鹽橋、生成FlexDock輸入文件等等。

Dali server

鏈接：http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server

簡介：輸入PDB ID或者上傳PDB，服務(wù)器會對此結(jié)構(gòu)與PDB數(shù)據(jù)庫中的結(jié)構(gòu)用dali算法計算，將其中有一定結(jié)構(gòu)相似度的PDB列出。通過復(fù)選框選擇幾個結(jié)構(gòu)，可以對比序列，以及在線觀看它們重疊后的3D結(jié)構(gòu)。

在線生成結(jié)構(gòu)（包括同晶體結(jié)構(gòu)的硅、鍺）

金剛石（包括同晶體結(jié)構(gòu)的硅、鍺），鏈接：http://turin.nss.udel.edu/research/diamondonline.html

在線生成石墨結(jié)構(gòu)，鏈接：

http://turin.nss.udel.edu/research/graphiteonline.html

碳納米管結(jié)構(gòu)，鏈接：

http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html

webPIPSA

(Protein Interaction PropertySimilarity Analysis)

鏈接：http://pipsa.eml.org/pipsa

簡介：上傳pdb/pqr或輸入pdb ID，自動調(diào)用APBS/UHBD計算它們的靜電勢，根據(jù)一定規(guī)則繪制成距離矩陣，并做簇分析?？梢苑治霾煌鞍踪|(zhì)在相互作用上的相似性?？梢韵螺d到運行期間的中間文件，包括轉(zhuǎn)化后的pqr和計算得到的grid格點文件，可被vmd等軟件讀取。

ALOGPS

鏈接：http://www.vcclab.org/lab/alogps

簡介：在線上傳分子結(jié)構(gòu)，計算LogP、水溶性、PKa、SMILE字符串等信息。支持分子結(jié)構(gòu)格式十分多。

CORINA

鏈接：http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo.html

簡介：通過SMILE字符串得到分子的結(jié)構(gòu)文件

一些有用的晶體學(xué)工具

鏈接：http://www.cryst.ehu.es

GETAREA

鏈接：http://curie.utmb.edu/getarea.html

簡介：計算分子SASA和溶解能，服務(wù)器不太穩(wěn)健

在線版PDB2PQR：http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr

Karlsberg+

鏈接：

http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php

簡介：基于線性PB方程在線計算蛋白質(zhì)Pka

H++

鏈接：http://biophysics.cs.vt.edu/H++

簡介：通過隱式溶劑(GB/PB)和分子力學(xué)模型計算Pk，并根據(jù)指定PH自動將結(jié)構(gòu)質(zhì)子化

PDBsum

鏈接：http://www.ebi.ac.uk/pdbsum

簡介：輸入PDB ID或者序列，顯示蛋白質(zhì)信息、基本結(jié)構(gòu)特征、結(jié)構(gòu)出處的文獻摘要，可調(diào)用PROCHECK分析結(jié)構(gòu)，可在線觀看3D結(jié)構(gòu)。

DynDom

鏈接：http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp

簡介：輸如蛋白質(zhì)分子的兩個構(gòu)象，可分析出構(gòu)象變化所繞著的旋轉(zhuǎn)軸，以及導(dǎo)致結(jié)構(gòu)變化的關(guān)鍵殘基。結(jié)果可以用rasmol程序顯示。

StrucTools

鏈接：http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html

簡介：可以繪制蛋白質(zhì)二級序列圖，計算主鏈氫鍵，繪制B因子-殘基圖，計算殘基所占體積并繪圖，計算殘基SASA，做Ramachandran圖，做蛋白質(zhì)旋轉(zhuǎn)的gif/mpeg動畫。

VRML File Creator

鏈接：http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator

簡介：通過smile字符串或者結(jié)構(gòu)文件，創(chuàng)建VRML(.wrl)文件。比如可以導(dǎo)入Acrobat 3D，在pdf文檔中演示分子的立體結(jié)構(gòu)。

w3DNA

鏈接：http://w3dna.rutgers.edu

簡介：輸入核酸PDB ID或上傳結(jié)構(gòu)文件，分析其堿基結(jié)構(gòu)參數(shù)。

WebMO

鏈接：http://www.webmo.net/demo/index.html

簡介：提供了友好的GUI界面，可以在線繪制或?qū)虢Y(jié)構(gòu)并調(diào)用服務(wù)器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、 QChem、Tinker程序進行量化/分子力學(xué)計算。對于免費用戶WebMO提供了guest帳戶登入，但運算時間限制在60秒以內(nèi)，在缺乏計算條件下可以應(yīng)急使用。

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