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【技能】一步步教你利用Diamond畫出漂亮的晶體結(jié)構(gòu)

(來源:“催璨”←關(guān)注它)

使用的CIF的參考文獻(xiàn):J.AM.Chem.Soc.2006,125,1304.

1. 獲取cif文件,用Diamond打開cif。

2. 整理結(jié)構(gòu),增減原子知道做出一個完整的框架,我只做了文獻(xiàn)Fig.1中的一個框架,做兩個只是花點時間重復(fù)操作而已。圖形如下:

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3. 做出Zn原子的多面體:點擊dimond最上方的按鈕“Build-Polyhedra-Add Polyhedra”

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出現(xiàn)如上面板,將Central atom groups 指定為Zn, Ligand atom groups 指定為O, 然后確定,就得到Zn的多面體圖。

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默認(rèn)的多面體是白色的,可以自行調(diào)整顏色。用鼠標(biāo)選中所有原子,右擊鼠標(biāo)點“Edit-Polyhedron Designs…” 在Fill Color處改顏色;在other里修改Ligand原子半徑,改為1.

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改完如下圖所示:

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4. 下面作出啞原子:選中任意兩個處于對角線的對稱原子,或者全部原子(選全部原子要求結(jié)構(gòu)框架是完整的,不然啞原子不落在空穴的中心),之后點擊”Structure-Insert Atom…..”, 確定后在空穴的中心出現(xiàn)一個啞原子。

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5. 編輯啞原子:選中啞原子,右擊鼠標(biāo)“Edit-Atom Designs…”,先改顏色,再改半徑。

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將半徑改為9(或者自己喜歡的其他大小),點“Apply now”, 會出現(xiàn)警告提示,不管他,點確定。然后點“Close”就好了!

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然后調(diào)整角度,直到你自己滿意為止。

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6. 保存圖片:目前分辨率是很低的,首先調(diào)整一下分辨率:點“Picture-Layout….”

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選用Bitmap,設(shè)定Resolution為600,這樣就可以提高分辨率了。再Backgroud里可以改背景,然后Save as-Save Graphic as-選TIFF格式,就可以得到一張圖片。

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