小伙伴們,MS楊站長(zhǎng)特訓(xùn)營(yíng)繼續(xù)發(fā)車,本期主題:LAMMPS、Materials Studio、Python強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合,buff疊滿!
帶你入門分子動(dòng)力學(xué)模擬、建模與分析!
本期將為大家展示聚合物建模+LAMMPS分子動(dòng)力學(xué)模擬+分析方法:
1. Materials Studio建模聚合物分子鏈;
3. Python生成隨機(jī)分布的amorphous聚合物初始結(jié)構(gòu);
4. 聚合物的分子動(dòng)力學(xué)模擬:包括軟勢(shì),退火,動(dòng)力學(xué);
5. 采用Python和MDAnalysis對(duì)軌跡進(jìn)行性能分析:包括MSD(和擴(kuò)散系數(shù)有關(guān)),拉伸力學(xué)性能,和拉伸過程中鏈取向。
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分子動(dòng)力學(xué)軟件中,LAMMPS大尺度原子/分子并行模擬工具,是名副其實(shí)的全能巨無霸,能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)百萬級(jí)原子分子體系的計(jì)算。
LAMMPS應(yīng)用范圍極廣,可以對(duì)氣態(tài)、固態(tài)、液態(tài)進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬,可調(diào)用多種勢(shì)函數(shù)/力場(chǎng),支持各種系綜、粗粒化,能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)百萬級(jí)原子分子體系的計(jì)算。
本次特訓(xùn)營(yíng)中,將包含Python建模和數(shù)據(jù)分析干貨!LAMMPS與Python結(jié)合后,應(yīng)用更加靈活。
Python+MDAnalysis隨機(jī)填充構(gòu)建聚合物薄膜
特訓(xùn)營(yíng)另一個(gè)重點(diǎn)內(nèi)容就是建模:可以通過Materials Studio、CHARMM-GUI構(gòu)建聚合物模型,通過Python工具簡(jiǎn)單實(shí)現(xiàn)構(gòu)建指定數(shù)量和密度的聚合物隨機(jī)分布初始模型。
本期課程將更加關(guān)注聚合物的模擬和分析,利用LAMMPS模擬可以從微觀分子尺度上探究聚合物力學(xué)和動(dòng)力學(xué)性能的變化,同時(shí)可以觀察應(yīng)變誘導(dǎo)聚合物鏈發(fā)生取向。
王老師:華算科技LAMMPS授課老師,擁有六年以上LAMMPS軟件使用經(jīng)驗(yàn)。目前于荷蘭格羅寧根大學(xué)進(jìn)行交流訪問學(xué)習(xí)。發(fā)表SCI共9篇,并參與編著英文書籍《Fundamentals of Multiscale Modeling of Structural Materials》。
主要研究領(lǐng)域?yàn)椋豪梅肿觿?dòng)力學(xué)模擬方法,① 研究金屬(梯度和中、高熵合金)及其納米復(fù)合材料的力學(xué)性能;② 開發(fā)高分子和石墨烯的粗?;P?,并研究高分子及其納米復(fù)合材料的結(jié)構(gòu)、力學(xué)性能。
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